长期施用钾肥导致土壤钾的增加，还与农产品的利用方式有很大关系，如果茎秆还田，则钾会很快地积累，否则会影晌土壤钾素的积累。 对不同有机肥、化肥及其配合施用的微生物性质研究表明，连续10年后，对各类微生物有看明显的影响。单施化肥的细菌数量最低，有机肥及其与天机肥料配合施用的最高，真菌和放线茵数量则以稻麦草还圃的最大。就三类微生物总数而言，有机肥或有机、无机配合施用的较单施化肥或不施肥的大得多，以单施化肥的最少。有研究认为，有机肥配合化肥，不但有利于有机质数呈的积累和有机质品种的改善，而且有利于土壤微生物活性的提高。单施化肥不利于土壤肥力的保持和发挥。 化肥是单一性的，即使是复合肥也不过两三种营养元素，长期施用有可能造成作物的营养元素缺乏症，如在红壤土的改良中施用石灰质酸、磷肥以提高有效磷的含量，但长期大量施用磷肥就会造成土壤中锌元素的有效性降低，导致作物的缺锌症状。因为磷一锌是桔抗作用的。长期单独施用化肥势必引起作物某些元素的缺乏症状，就像营养元素的木桶原理，相对缺乏的营养元素构成产量提高的限制因素??短板，需要及时给予补无。
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